পুজোয় দেবী দুর্গাকে চারটে গোটা শাড়ি পরানো হয়। আজ রাজ পরিবারের নিয়ম অনুযায়ী পুজোতে মায়ের ভোগ ছিল পাবদা মাছ ও পটল চিংড়ি সহ পাঁচ রকম মাছের বিভিন্ন পদ। আজ‌ও বলির প্রথা রয়েছে রাজবাড়ির পুজোয়। পাঁঠা ও পায়রা বলি দেওয়া হয়। একসময় নরবলির প্রথা থাকলেও বর্তমানে কুশ ও চালের গুঁড়ো দিয়ে মানুষ তৈরি করে বলি দেওয়া হয়।

বৈকুণ্ঠপুর রাজবাড়িতে দুর্গা মা কাঠের রথের উপর বিরাজমান। দশমীতে এই রথের দড়ি টেনেই মাকে বিসর্জন দেওয়া হয় রাজবাড়ি পুকুরে। বিসর্জনের দিন হাজার‌ও মানুষের সমাগম হয় বৈকুণ্ঠপুর রাজবাড়িতে। পুজোর চারদিন রাজ পরিবারের সদস্য হয়ে‌ থাকেন‌ দেবী দুর্গা মা। উত্তরবঙ্গের বিভিন্ন জেলা থেকে অসংখ্য মানুষ এই পুজো দেখতে আসেন। এমনকি ডুয়ার্স এবং পাহাড়ে বেড়াতে আসা পর্যটকরাও রাজবাড়ির পুজোয় অংশগ্রহণ করেন বলে জানান রাজ পরিবারের পুরোহিত শিবু ঘোষাল।