মাতা আগমেশ্বরীর সূচনা করেছিলেন পন্ডিত কৃষ্ণানন্দ আগমবাগীশ। এই কৃষ্ণানন্দ আগমবাগীশ নবদ্বীপের বাসিন্দা। তিনি তন্ত্রসার গ্রন্থ রচনা করেছিলেন অর্থাৎ তান্ত্রিকের নির্দিষ্ট পূজা বিধি। তিনি ধ্যানযোগে তাঁর আরাধ্যা দেবীর মূর্তি দেখেছিলেন। সেই মূর্তিকেই তিনি মাতা আগমেশ্বরীর মধ্যে চিত্রিত করেন।

যখন তিনি ধ্যান করছিলেন সেই সময় তিনি ধ্যানের মধ্য দিয়ে দেবীর আদেশে জানতে পারেন, পরেরদিন  প্রত্যুষে তুই যাকে দেখতে পাবি সেই তোর আরাধ্যা দেবী। সেই অনুযায়ী তিনি ঘুম থেকে উঠে চোখ মেলে দেখেন কালো এক কন্যা একহাতে গোবর নিয়ে অন্য হাতে ঘুটে দিচ্ছে দেওয়ালে। উনাকে দেখে উনি লজ্জায় জিভ কেটে ফেললেন। কৃষ্ণানন্দের মনে হল উনি হচ্ছেন তার আরাধ্যা দেবী কালী।

উনি পরে সেই দেবীর মূর্তি গঙ্গা মৃত্তিকা এনে নির্মাণ করলেন এবং নির্মাণ করে পুজো করার সেই রাতেই তিনি তাকে বিসর্জন দিলেন। সেই থেকে প্রথম দক্ষিণা কালীর সৃষ্টি হল মূর্তি গড়িয়ে। পরবর্তীকালে কৃষ্ণানন্দ আগমবাগিশের প্রপুত্র সার্বভৌম আগমবাগীশ শান্তিপুরে মূর্তি প্রতিষ্ঠা করেছিলেন। তাঁরা শাক্ত ছিলেন। কিন্তু শান্তিপুরে অদ্বৈত আচার্যের পুত্র মথুরেশ গোস্বামী চেয়েছিলেন তদানীন্তনকালে শক্ত এবং বৈষ্ণবের মধ্যে বিরোধটা দূর করতে।

তাই তিনি তার মেয়ের বিয়ে দেন সার্বভৌম আগমবাগীশের সঙ্গে। কিন্তু তদানীন্তন শাক্ত সমাজে এই বিয়েটা ভালোভাবে মেনে নেননি। মেনে না নেওয়ার ফলে তাদের সংসারে নানা সমস্যা দেখা দিতে শুরু করল। পরে তিনি মেয়ে জামাইকে নবদ্বীপ থেকে নিয়ে আসেন শান্তিপুরে। শান্তিপুরের বড় গোস্বামী পরিবার যেহেতু প্রত্যক্ষভাবে শক্তির উপাসনা করেন না, সেহেতু মধুরেশ গোস্বামী সেই সময় তার বাড়ির কাছেই পূর্ব দিকে একটি পঞ্চমুন্ডির আসন স্থাপন করেন।

সেখানেই সাধনা করে সিদ্ধিলাভ করেন সার্বভৌম আগমবাগীশ। তিনিও সাধনায় অনুরূপভাবে মূর্তি দেখলেন এবং শান্তিপুরে আগমেশ্বরীর প্রতিষ্ঠা করলেন। এখানে সার্বভৌমের নিয়মানুযায়ী একদিনে মূর্তি তৈরি করা হত কিন্তু এখন যেহেতু মূর্তি অনেক বড় সেই কারণেই কৃষ্ণপক্ষ পরার পর মূর্তির কাজ শুরু হয়।

পুজোর দিন মৃৎশিল্পী চক্ষুদান করেন, তারপরই পুজো শুরু হয়। সেই রীতি এখনও আছে এবং পুজো হওয়ার সঙ্গে সঙ্গে ঘট বিসর্জন হয়ে যায়। পরে মূর্তি নিরঞ্জন হয়। শান্তিপুর তথা বাংলার বিভিন্ন প্রান্ত থেকে বহু দূর দূরান্ত থেকে ভক্তরা আসেন তাঁদের মনস্কামনা পূর্ণ করতে।