যদিও ওয়েস্ট বেঙ্গল জুনিয়র চিকিৎসক ফ্রন্টের তরফে আর্থিক অস্বচ্ছতার অভিযোগ পুরোপুরি খারিজ করা হয়েছে। তাদের কথায়, “হুমকি সংস্কৃতির মধ্যে আর্থিক দুর্নীতিও কী ভাবে চলেছে, সেটা সকলেই জানেন।” জুনিয়র চিকিৎসকদের অ্যাসোসিয়েশনের তরফে শ্রীশ চক্রবর্তী বলেন, “ফ্রন্টের এক সদস্যের ব্যক্তিগত অ্যাকাউন্টে ২৮ লক্ষ টাকা ঢুকেছে। তিনি আবার ময়না তদন্তে সন্তুষ্ট বলে সই করেছিলেন। মুখ্যমন্ত্রীর সঙ্গে বৈঠকে অনিকেত মাহাতো আমাদের কুখ্যাত দুষ্কৃতী বলে সমাজের সামনে অপদস্থ করলেন। তা হলে যাঁরা আন্দোলনের নামে টাকা তুললেন, তাঁরা কেন দুষ্কৃতী নন?” আর এক সদস্য সৌরভকুমার দাস বলেন, “নির্যাতিতার বিচারের নামে টাকা কেন তোলা হবে? কারা দিলেন সেই টাকা? অন্য কোন জায়গা থেকে টাকার জোগান এসেছে, সেটাও তদন্ত করে দেখা প্রয়োজন।”
অভিযোগ অস্বীকার করে ফ্রন্টের তরফে অনিকেত মাহাতো বলেন, “আমাদের আর্থিক তহবিলের সমস্ত হিসেব, নথি আছে। ইতিমধ্যেই অডিট করা হচ্ছে। তারপরেই আয়-ব্যয়ের হিসাব প্রকাশ্যে আনা হবে। তবে, ওঁরা সাত-আটটি সংগঠন মিলিয়ে চার কোটির হিসেব বলছেন। ফ্রন্ট ছাড়া অন্য সংগঠনের আর্থিক তহবিলের দায়িত্ব আমাদের নয়।”