আরজি কাণ্ড তখন উত্তাল গোটা রাজ্য। একে পর এক মন্তব্যে দলের বিড়ম্বনা বাড়িয়েছিলেন শান্তনু। এরপর তৃণমূলের মুখপাত্র পদ থেকে বাদ পড়েন তিনি। শাসকদলের তরফে স্পষ্ট জানিয়ে দেওয়া হয়, 'সংবাদমাধ্যমে শান্তনু সেনের বক্তব্য দলের নয়'। রাজ্যসভার প্রাক্তন সাংসদের নিরাপত্তাও প্রত্যাহার করে নিয়েছে রাজ্য সরকার। 

শান্তনু বলেন, 'আমি বিষয়টা সম্পর্কে কিছুই জানি না। মিথ্যা অভিযোগ দিয়ে আমার অপসারণের প্রস্তাব দেওয়া হয়েছিল বলে আমি শুনেছি। আমার বেশ কিছু কথা বলার ছিল। স্বাস্থ্যসচিবকে চিঠি দিয়ে জানিয়েছি। বাকিটা মাননীয় মুখ্যমন্ত্রী যা সিদ্ধান্ত নেবেন, সেটাই শিরোধার্য'। তাঁর কথায়, আমার অনেক কিছুই বলার ছিল, সেটা মিডিয়াতে বলব না। স্বাস্থ্যসচিবকে চিঠি দিয়ে জানিয়েছি। আমি যদি কোন হেয়ারিং দেওয়া হয়, আমি একান্তে তাঁদের সামনে সবকিছু বলব'। 

এর আগে, তৃণমূল মুখপাত্র পদ থেকে অপসারিত হওয়ার পর শান্তনু বলেছিলেন, 'মমতা বন্দ্যোপাধ্য়ায়ের হাত ধরেই স্বাস্থ্যে বিপ্লব হয়েছে। তারপরেও সঠিক তথ্য মমতা বন্দ্যোপাধ্যায়ের কাছে পৌঁছতে দেওয়া হচ্ছে না। মুষ্টিমেয় কয়েকজন নিজেদের কায়েমি স্বার্থ চরিতার্থ করার জন্য়, যারপরনাই চেষ্টা করে যাচ্ছেন। এইরকম একজন কাজের মানুষ, এত বড় নেত্রী, সর্বভারতীয় নেত্রী, তাঁকে অন্ধকারে রেখে ভুল বুঝিয়ে নিজেদের কায়েমি স্বার্থ চরিতার্থ করার চেষ্টা করছে।  খারাপ লাগছে, তারা এখনও সামনে আসছে না। এত কাজ করার পরেই আমার নেত্রীর দিকে যখন আঙুল উঠছে, সেটা খারাপ লাগছে'।