আর জি করের ঘটনার প্রেক্ষিতে মুখ খুলে, ধর্না দিয়ে দলের বিরাগভাজন হয়েছিলেন সুখেন্দু। তার পরে রাজ্যসভার চেয়ারম্যানকে চিঠি লিখে নিজের আসন ছেড়ে পিছনের আসন নেন তিনি। কক্ষ সমন্বয়ের প্রশ্নে তাঁকে ডাকা হচ্ছিল না। কালীঘাটে তৃণমূলের জাতীয় কর্মসমিতির বৈঠকেও ডাক পাননি তিনি।
সূত্রের খবর, সুখেন্দুশেখর চাইছিলেন রাজ্যসভার দলীয় কাজকর্মের মূল স্রোতে ফিরতে। তিনি ঘনিষ্ঠ মহলে বলেছিলেন যে, আর জি কর কাণ্ডে দোষীর ফাঁসির দাবিতে ধর্নায় বসলেও প্রকাশ্যে কখনও দলবিরোধী অথবা মমতা বন্দ্যোপাধ্যায়ের বিরুদ্ধে মন্তব্য করেননি। তিনি মমতার সঙ্গে ছিলেন, আছেন এবং থাকতে চান। সম্প্রতি তিনি কথা বলেন তৃণমূলের রাজ্য সাধারণ সম্পাদক কুণাল ঘোষের সঙ্গে। পাশাপাশি, তাঁর বক্তব্য দলনেত্রীর কাছেও পৌঁছে দিয়েছেন বলে খবর। রাজনৈতিক সূত্রে খবর, তিনি অনুতাপ প্রকাশ করে, তৃণমূল, মমতা বন্দ্যোপাধ্যায়ের প্রতি আনুগত্য জানিয়ে চিঠিও পাঠাচ্ছেন নেত্রীকে। তবে তৃণমূলের পক্ষ থেকে এই নিয়ে কিছু বলতে চাওয়া হয়নি। দলের শীর্ষ সূত্রে জানানো হয়েছে, সুখেন্দুশেখর সম্পর্কে দলের অবস্থান গত কালও যা ছিল, আজও তা-ই রয়েছে।